経済産業省は5月11日、新型コロナウイルス感染症の発生が拡大している現下の状況を受けて、経済産業省は、決済事業者等に対して、新型コロナウイルス感染症により影響を受けた加盟店への立替金の入金時期・入金費用等について、丁寧かつ親身になって相談に乗るとともに、入金時期の変更等の柔軟かつ適切な対応に努めるよう、要請した。
また、新型コロナウィルス感染症拡大による影響への対策として、入金サイクルや加盟店手数料など、加盟店向けに特別対応を行っている決済事業者とその取組内容を取りまとめて紹介している。
例えば、LINE Payは、加盟店ホームページでの申請を受けて、確定した売上金を指定銀行口座に即時振り込む「入金申請」サービスの手数料（1回税込250円）について、6月30日まで無料化。
メルペイは、昨今の状況を鑑み、中小・小規模事業者の継続的な支援を目的に、決済手数料を0％とするキャンペーンについて、申込受付期間を2020年3月31日から6月30日に延長している。
■新型コロナウイルス感染症による影響に配慮した決済事業者の特別な取組